Lange Zeit gehörte die katholische Kirche von Goisern mit ihren Besitzungen zur geistlichen Herrschaft des um 1020 gegründeten Benediktinerinnenklosters Traunkirchen. Eine erste Kirche soll hier schon im 8. oder 9. Jahrhundert dem heiligen Martin geweiht worden sein; urkundlich nachweisbar ist sie erst im 13. Jahrhundert. 1487 erbaute man eine neue Kirche im spätgotischen Stil. Goisern war damals das einzige Vikariat im „Ischlland" (dem Inneren Salzkammergut), dem die Kirchen von Ischl, Lauffen, St. Agatha oder Hallstatt als Filialen angehörten. Ende des 15. Jahrhunderts dürfte die Pfarrerhebung erfolgt sein. Während der Wirren der Gegenreformation galt die Kirche allerdings wieder als Vikariat; erst 1785 wurde Goisern endgültig als Pfarre anerkannt.
Zwischen 1836 und 1838 wurde die Kirche zum größten Teil abgetragen und im rechten Winkel zum Altbau wieder aufgebaut; 1905 kam der neu errichtete Pfarrhof dazu. Das neugotische Gotteshaus birgt jedoch noch Reste der einstigen Sternrippengewölbe und der Spitzbogenfenster, zahlreiche gotische Kunstwerke und einen barocken Hochaltar von 1691. Das Eingangsportal stammt aus dem Jahre 1530 und stellt ein schönes Beispiel für die Donaustilgotik dar.